Open Source Plattform zum “Anti-Corona”-Molekül-Screening

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Ein internationales Team von Wissenschaftlern mit Beteiligung von Forschern der Freien Universität Berlin und der Technischen Universität Berlin hat eine Open Source Software-Plattform entwickelt, die Milliarden potenzielle Wirkstoffe gegen das Coronavirus untersucht. Damit sollen potenzielle Wirkstoffen gefunden werden, die Coronavirus-Proteine blockieren könnten.



Das Team erstellte eine Molekülbibliothek der Welt, die Docking-Moleküle bereitstellt, indem es die dreidimensionale Geometrie von mehr als 1,4 Milliarden kleinen Molekülen berechnete und in der Datenbank festhielt. Diese Daten stehen open source zur Verfügung und können von Wirkstoffforschern auf der ganzen Welt genutzt werden. Zusätzlich entwickelte das Forschungsteam die Plattform „Virtual Flow“, die es ermöglicht, in kurzer Zeit Milliarden von kleinen Molekülen parallel durch Computersimulationen auf ihre Bindungsfähigkeit an ein bestimmtes Protein zu testen.

VirtualFlow läuft auf Supercomputern und funktioniert auch auf Clouds. Das Tool wurde zum Beispiel auf der Cloud-Plattform von Google mit bis zu 160.000 Prozessoren getestet. Google hat den Wissenschaftlern jetzt zusätzliche Mittel zur Verfügung gestellt, um seine Cloud-Computing-Plattform zu nutzen und damit nach möglichen Kandidaten für Wirkstoffe gegen das Coronavirus zu suchen.

VirtualFlow ist als eine freie Open-Source Plattform verfügbar und steht allen Wissenschaftlern kostenfrei zur Verfügung.
 

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